明治维新之后，安倍晴明的后人所创立的土御门神道被视为“淫祀邪教”而废止。
国家神道机构在战后（由于麦克阿瑟的关系）也由向公家服务的国家机构转为民间组织。
显赫一时的土御门家族没落。而同时，在暗中的藤原家仍然掌管着日本国家神道的命脉。
2013年，土御门家后继者土御门克已突然现身，封印京都灵所，控制了多家神社的祭神。
藤原属下的里御所与土御门家双方在夜之京都进行着式神之间的战斗，导致了京都各势力的反感。
其中，以佛教密宗，律宗为代表，僧众们要求镇压阴阳师的战争，展开了会议。
壬生寺的白莲上人邀请大慈寺的住持前往参与法会。而大慈寺则将此事委托给破梦斋。
在不明真相的情况下，武元婴与陆心岚踏上了危机重重，吉凶未知的旅程