나디아의 복수는 스토리를 진행하며 총기류를 사용하여 적을 물리치고 퍼즐을 풀며 분기점마다 선택을 하여 그에 따른 엔딩을 볼 수 있는 2D 도트로 만들어진 게임이며 탑 다운 뷰의 방식으로 진행됩니다.

시뮬레이션 세상을 구현하는 거대 회사 이터널 라이프의 정예요원 나디아는 회사로부터 배신당했다는 것을 알게 된 후 반란군 리더가 되어 시뮬레이션 세상 속에 숨어 복수를 진행합니다.

그러나 자신의 부관 필립에게 속아 반란군이 와해되고 자신 또한 큰 위험에 빠지게 됩니다.

다행이 시뮬레이션 세상의 가장 강력한 존재이자 회사의 적대적인 존재인 더미 코드 올리비아로부터 도움을 받은 나디아는 극적으로 회생하게 되고 다시 한번 반란군을 만들어 배신자 필립과 이터널 라이프에게 복수를 다짐하게 됩니다.

나디아는 이야기를 진행하며 다양한 무기를 습득하며 이를 활용해 적을 물리치고 퍼즐을 풀며 이야기를 진행하게 됩니다.

또한 새로 합류한 반란군 요원을 활용하여 임무를 보낼 수 있으며 이를 통해 습득한 SP 포인트와 골드로 능력치를 올리고 무기를 강화할 수 있습니다. 

최종적으로 자신의 선택에 따라 두개의 엔딩 중 한가지를 선택할 수 있습니다.